Desde 1994, alrededor de cincuenta familias iniciaron la experiencia del Amor y la Unidad. Fue tan grande el entusiasmo que pronto hubo un numeroso grupo de personas interesadas en vivir nuestra espiritualidad, por lo que se decidió darle a Guayaquil características de región y se creó un Consejo Regional.

En la crisis del año 2003, la Obra en esta ciudad sufrió una gran deserción debida a desacuerdos con el Moderador General de la Obra, el padre Juan Abril. Esta situación lo llevó a suspender de manera definitiva al Consejo Regional y al grupo Compañeros de San Miguel a nivel nacional.

Desde el año 2004, el padre Juan encargó la coordinación regional a Alicia Crespo y a María de Lourdes Alcívar, quienes hasta el día de hoy llevan fiel y humildemente esta misión.

Actualmente, la Obra dispone de un local propio llamado La Casa de la Unidad, lugar de encuentro comunitario que cuenta con la presencia permanente del Santísimo Sacramento y una hermosa capilla. Un sacerdote amigo tiene el encargo expreso del Sr. arzobispo de Guayaquil de hacer de capellán de nuestra comunidad, llevar la oración y celebrar la Santa Misa y la Adoración a Jesús Sacramentado en esta casa.

Además, la Obra mantiene La Casa de la Misericordia, lugar que asiste humanitariamente a las personas de escasos recursos en el barrio marginal Isla Trinitaria y donde miembros de las comunidades, hacen apostolado.

Está conformada por seis comunidades, dos de estas, integradas por un grupo importante de adolescentes y jóvenes que buscan a Dios en sus vidas. Debido a su entrega y entusiasmo, se ha creado la Coordinación Regional de juventudes que depende del Consejo General de Quito.